Även om kirurger med erfarenhet inom bariatrisk kirurgi kan utföra den mycket snabbt och enkelt, finns det fortfarande en risk för komplikationer som blödningar, infektioner, bildande av blodproppar som orsakar djup ventrombos eller pulmonell emboli.
En möjlig komplikation som är specifik för Gastric bypass är dumpningssyndromvilket ger diarré, kräkningar och magbesvär som uppstår direkt efter en måltid. Detta kan leda till rädsla för att äta på offentliga platser och andra psykologiska och sociala problem. Dessutom kan malabsorption förekomma efter Gastric bypass. Det hjälper till att förlora extra vikt men stör också absorptionen av en del ämnen (kalcium, vitaminer, järn), som är viktiga för ens kropp, därför bör extra näringstillskott användas.
På grund av karaktären av Gastric bypass bör detta inrepp inte utföras på patienter med ulcerös kolit, Crohns sjukdom, anemi, eller som har mycket kraftig fetma (BMI över 50 och mer).
Den största nackdelen med Gastric sleeve är det faktum att det är en ganska ny metod. Det innebär att det inte har gjorts så många utredningar eller studier av proceduren. Gastric Sleeve är oåterkallelig. Dessutom finns det en risk att man återfår förlorad vikt eller går ner bara lite grann.