Selv om kirurger med erfaring i fedmekirurgi kan udføre det meget hurtigt og nemt, er der stadig en mulighed for komplikationer, såsom blødning, infektion, dannelse af blodpropper der forårsager dyb venøs trombose eller lungemboli.
Den mulige komplikation, som er specifikke for gastric bypass, er Dumping syndrom, der medfører diarré, opkastning og mavesmerter, der opstår umiddelbart efter et måltid. Dette kan føre til frygt for at spise på offentlige steder og andre psykologiske og sociale problemer.
Desuden kan gastric bypass forårsage malabsorption. Operationen hjælper at tabe overvægt, men også forstyrrer absorptionen af stoffer (kalcium, vitaminer, jern), der er afgørende for ens krop, så bør der ekstra kosttilskud anvendes.
På grund af gastric bypass egenskaber kan denne operation ikke udføres på patienter med ulcerøs colitis, Crohns sygdom, anæmi, eller med en meget høj grad af fedme (BMI over 50 og mere).
Den største ulempe ved gastric sleeve er at operationen er en forholdsvis ny procedure. Som et resultat heraf er den mindre undersøgt.
Gastric sleeve er irreversibel. Desuden er der mulighed for at genvinde den tabte vægt eller at miste kun en lille del af vægten.