Selv om erfarne fedmekirurger raskt og enkelt kan utføre operasjonene, er det fremdeles mulighet for at det kan oppstå komplikasjoner, som blødninger, infeksjoner og trombedannelser som forårsaker dyp venetrombose eller lungeemboli.
En av mulige bivirkningene som kan komme etter gastric bypass er dumping syndrom, som forårsaker diaré, oppkast og magebesvær umiddelbart etter et måltid. Dette kan føre til frykt for å spise på offentlige steder og andre psykologiske og sosiale problemer.
I tillegg kan malabsorbsjon forekomme etter gastrisk bypass. Det fører til at man går ned i vekt, men det forstyrrer også opptaket av stoffer (kalsium, vitaminer, jern) som er viktige for kroppen, så man bør derfor ta ekstra kosttilskudd.
Gastric bypass kan ikke utføres i tilfeller når pasienten har ulcerøs kolitt, Crohns sykdom eller anemi, eller er svært overvektig (KMI på 50 og mer).
Den største ulempen med gastric sleeve er at den er en ganske ny operasjonsmetode. Derfor er den mindre undersøkt og studert.
Gastric sleeve er irreversibel. Det finnes også en mulighet for at man legger på seg igjen eller at man mister en veldig liten del av sin overvekt etter gastric sleeve blir utført.